一、菌落染色法
在含有氧化還原顯，色試劑四唑嗡紫羅蘭等的瓊脂平板培養(yǎng)基上培養(yǎng)微生物，或者在普通的瓊脂平板培養(yǎng)基上培養(yǎng)后，經(jīng)過(guò)染色，很容易判別菌落是一種比標(biāo)準(zhǔn)培養(yǎng)時(shí)間更短的計(jì)測(cè)菌落的方法。
微觀染色用于對(duì)培養(yǎng)結(jié)束的膜過(guò)濾器直接滴下染色液，然后讓其干燥，將染成青色的菌落拿到10～20倍的放大鏡下進(jìn)行計(jì)測(cè)。培養(yǎng)時(shí)間可以縮短到原來(lái)方法的1/4～1/2。
二、阻抗法
微生物在增殖過(guò)程中會(huì)將蛋白質(zhì)、碳水化合物等高分子化合物，分解成有機(jī)酸、氨基酸等離子化合物，這些離子化合物達(dá)到一定濃度，在周圍環(huán)境中將產(chǎn)生微小的電量變化。將這個(gè)電量的變化利用電阻、導(dǎo)電性或者靜電容量這些概念檢測(cè)的方法，稱為阻抗法。產(chǎn)生電量與開(kāi)始時(shí)的細(xì)菌數(shù)、菌的增殖性成反比。因此，從預(yù)先求得的兩者的標(biāo)準(zhǔn)曲線中可以推算出樣品中初始的細(xì)菌數(shù)。作為產(chǎn)品化的系統(tǒng)有氣壓（或液壓）傳輸系統(tǒng)以及細(xì)菌計(jì)數(shù)器。
實(shí)際操作如下：往容器中添加液體培養(yǎng)基和樣品，放在組成系統(tǒng)的培養(yǎng)裝置中開(kāi)始培養(yǎng)。測(cè)定機(jī)逐時(shí)的自動(dòng)監(jiān)測(cè)培養(yǎng)過(guò)程中電量的變化。
本測(cè)定方法必須培養(yǎng)，但它和原來(lái)計(jì)測(cè)菌落的方法相比，優(yōu)點(diǎn)在于培養(yǎng)時(shí)間可以縮短。培養(yǎng)開(kāi)始后直到結(jié)果的打印輸出*自動(dòng)化，初始投資高但運(yùn)行費(fèi)用低。另外，通過(guò)組合選擇性培養(yǎng)基，可應(yīng)用于檢測(cè)特定微生物。
三、氧化電極法
氧化電極法是一種將微生物增殖過(guò)程中的呼吸活性通過(guò)氧化電極檢出的方法。與阻抗法一樣，通過(guò)自動(dòng)監(jiān)測(cè)，逐時(shí)的測(cè)定隨培養(yǎng)進(jìn)度而產(chǎn)生的培養(yǎng)基中溶解氧的濃度，直到能夠檢出呼吸活性的培養(yǎng)時(shí)間，從這一時(shí)間推算樣品中的開(kāi)始菌數(shù)。測(cè)定時(shí)，向裝有氧化極的容器中添加液體培養(yǎng)基和樣品，然后放在組成系統(tǒng)的培養(yǎng)裝置中開(kāi)始培養(yǎng)，測(cè)定機(jī)自動(dòng)監(jiān)測(cè)培養(yǎng)基中溶解氧濃度的逐時(shí)變化。6h內(nèi)就可以檢出105CFU/g的開(kāi)始菌數(shù)。
四、顯色法
顯色法是一種通過(guò)標(biāo)識(shí)色素的色調(diào)變化來(lái)檢測(cè)隨微生物代謝產(chǎn)生的培養(yǎng)基pH值的變化和CO₂生成的方法。通過(guò)自動(dòng)監(jiān)測(cè)檢測(cè)出培養(yǎng)過(guò)程中標(biāo)識(shí)色素的色調(diào)變化，從直到可以檢測(cè)出色調(diào)變化的這一段培養(yǎng)時(shí)間推算出樣品中的開(kāi)始菌數(shù)。以培養(yǎng)基pH值變化為指標(biāo)的維夫斯、以CO_{2生成為指標(biāo)的敏化培養(yǎng)基/生物材料20都已產(chǎn)品化。
維夫斯使用容器，此容器中盛有包含標(biāo)識(shí)色素的瓊脂層與液體培養(yǎng)基。使用時(shí)，向容器中添加樣品，放入組成系統(tǒng)的培養(yǎng)裝置中開(kāi)始培養(yǎng)。檢出時(shí)間受開(kāi)始菌數(shù)多少的影響，但如果達(dá)到106CFU，7個(gè)小時(shí)就可以檢出。通過(guò)組合選擇性培養(yǎng)基，也可應(yīng)用于特定微生物的檢出。}
以上四種方法仍需培養(yǎng)，只是培養(yǎng)時(shí)間較傳統(tǒng)方式縮短，有助于改善生物污染控制的工作效率，屬于一類。以下幾種方法則無(wú)需培養(yǎng)，屬于另一類環(huán)境微生物快速測(cè)定法。
五、熒光染色法
利用熒光染色劑熒光染色細(xì)胞膜和細(xì)胞核等，使用熒光顯微鏡等將細(xì)菌檢出的方法。染色機(jī)理不同的多種熒光染色劑，根據(jù)不同的組合也能識(shí)別出活菌和死菌。染色掃描RDI及D計(jì)數(shù)、真菌監(jiān)視器掃描、生物絮凝等都已產(chǎn)品化。
染色掃描RDI在薄膜過(guò)濾器上過(guò)濾樣品，熒光染色阻擋在薄膜過(guò)濾器上的微生物后，再進(jìn)行激光掃描。熒光染色的30min，激光掃描3min即可結(jié)束。其結(jié)果可以作為圖像表示在監(jiān)測(cè)器畫面上，也可以自動(dòng)計(jì)測(cè)產(chǎn)生熒光的點(diǎn)數(shù)。D計(jì)數(shù)以及真菌監(jiān)視器掃描是結(jié)合了熒光染色法與流體檢查計(jì)數(shù)法的方法，可以連續(xù)測(cè)定液態(tài)樣品。
六、LAL試驗(yàn)法
LAL試驗(yàn)法是利用鱟屬的血球抽出物，檢測(cè)來(lái)源于革蘭氏陰性菌的內(nèi)毒素的方法。內(nèi)毒素是革蘭氏陰性菌細(xì)胞壁成分的脂多糖，可以作為革蘭氏陰性菌的指標(biāo)。
七、SLP試驗(yàn)法
SLP試驗(yàn)法是利用蠶血液成分檢出肽聚糖及β-葡聚糖的方法。肽聚糖是細(xì)菌的細(xì)胞壁成本，β-葡聚糖是真菌的細(xì)胞壁成分。因此，通過(guò)本試驗(yàn)法能夠檢出這些微生物。不過(guò)，每個(gè)微生物的肽聚糖及β-葡聚糖含量因菌株不同而差異很大，與LAL試驗(yàn)法一樣，不能定量微生物，而且也不能識(shí)別出式來(lái)源于活菌還是死菌。
八、ATP快速測(cè)定法
ATP是高能磷酸化合物，分解時(shí)產(chǎn)生的能量用于細(xì)胞內(nèi)各種有能量需求的反應(yīng)。即ATP在地球上所有活著的細(xì)胞內(nèi)發(fā)揮著類似于電池的功能，它的存在成為生命活動(dòng)的證據(jù)。
（1）ATP法的測(cè)定原理
ATP法是利用螢火蟲尾部發(fā)光反應(yīng)的微生物測(cè)定法。來(lái)源于螢火蟲的熒光素酶催化反應(yīng)，以高量子收獲率變換具有ATP的化學(xué)能源而發(fā)光。反應(yīng)結(jié)果產(chǎn)生的光的數(shù)量即發(fā)光量和ATP量成正比，通過(guò)測(cè)定發(fā)光量就可以定量ATP。ATP不但存在于細(xì)菌體內(nèi)，而且廣泛存在游離于細(xì)菌體外的狀態(tài)。細(xì)菌外ATP是指從活細(xì)菌中溶析出來(lái)，細(xì)菌死時(shí)被逐出，而且被包含在有機(jī)污染中。細(xì)菌外ATP影響活菌數(shù)的測(cè)定，因此在前處理階段必須除去。另一方面，驗(yàn)證潔凈度時(shí)，用細(xì)菌內(nèi)外ATP量的總和（ATP總量）為污染指標(biāo)的方法，在能夠檢出微生物及其溫床污染兩個(gè)方面的意義上是合理的。ATP法操作簡(jiǎn)單且能快速得到結(jié)果。
（2）以菌體內(nèi)ATP量為指標(biāo)測(cè)定活菌數(shù)
根據(jù)ATP法求活菌數(shù)時(shí)，在前處理階段必須除去細(xì)菌體外的ATP。除去ATP的方法有酶化分解消去法和薄膜過(guò)濾器過(guò)濾除去法。酶化法原則上能適用于各種樣品，但含有高濃度的蛋白質(zhì)和脂肪的樣品，有時(shí)不能充分除去細(xì)菌體外的ATP，測(cè)試前必須確認(rèn)去除效果。而薄膜過(guò)濾器法不能用于引起堵塞的樣品，但它不僅可以除去細(xì)菌外的ATP，而且還可以除去妨礙發(fā)光反應(yīng)的物質(zhì)，進(jìn)而使微生物濃縮，有助于測(cè)試。
（3）空氣中浮游菌數(shù)的測(cè)定
用空氣取樣器將空氣中浮游菌捕集到瓊脂培養(yǎng)基上進(jìn)行培養(yǎng)之前，與原來(lái)方法相同。原來(lái)方法是培養(yǎng)2天后計(jì)測(cè)出現(xiàn)的菌落，與此相對(duì)，利用ATP法檢測(cè)細(xì)菌成功的將培養(yǎng)時(shí)間縮短到6h。
根據(jù)NASA標(biāo)準(zhǔn)，在ISO 8級(jí)食品廠的潔凈室，取樣空氣量為10ft³的條件下，探討與原來(lái)方法的相關(guān)性。兩測(cè)定值具有相關(guān)性，但其相關(guān)性很小，只能推算出大致的空氣中浮游菌數(shù)。一般認(rèn)為這是由于多種微生物浮游于空氣中，各種微生物增殖速度和ATP含量不同的緣故。但是，雖不能準(zhǔn)確求出細(xì)菌數(shù)，也可用于判定級(jí)別等某種程度上放寬范圍的評(píng)價(jià)。